ظل موطن البطيخ الأصلي محل نقاش بين الباحثين لسنوات، قبل أن تسهم الدراسات الوراثية والاكتشافات الأثرية الحديثة في تضييق نطاق أصوله بين السودان ومصر وليبيا، وفقًا لتقرير نشرته RT استنادًا إلى نتائج أبحاث علمية.ويرجح باحثون أن أقرب الأقارب البرية للبطيخ المزروع هو «بطيخ كردفان» الذي ينمو في السودان، فيما تشير دراسة جينية نُشرت عام 2021 إلى أن البطيخ الحديث وسلفه البري ينحدران من أصل وراثي مشترك يرتبط أيضًا ببطيخ «تساما» المنتشر في صحراء كالاهاري.وتشير فرضيات علمية إلى أن استئناس البطيخ بدأ في منطقة النوبة القديمة، قبل أن ينتقل إلى مصر، حيث تؤكد الأدلة الأثرية زراعته منذ نحو أربعة آلاف عام، كما عُثر على بذوره في عدد من المقابر الفرعونية، بينها مقبرة توت عنخ آمون.وفي ليبيا، اكتشف علماء بذور بطيخ يعود عمرها إلى نحو ستة آلاف عام، وأظهرت تحليلات جينومية نُشرت عام 2022 أن السكان كانوا يستهلكون بذوره، بينما كان لبه مرًا قبل أن تؤدي عمليات الانتقاء الزراعي عبر القرون إلى ظهور الأصناف الحمراء الحلوة المعروفة اليوم، التي انتشرت لاحقًا إلى بلاد الشام والجزيرة العربية وآسيا وأوروبا.
