Aurélia Nguyen : "L'IA facilite la création de virus dangereux en laboratoire"

Comment réussir à doter l'humanité d'un vaccin contre n'importe quelle maladie infectieuse émergente en moins de 100 jours ? La pandémie de Covid-19 a montré à quel point il était urgent de réussir à répondre à cette question. Pour atteindre cet objectif, les gouvernements de 36 pays, plus la Commission européenne et dix grandes structures philanthropiques, investissent dans les travaux d'une organisation internationale méconnue mais essentielle : la Cepi, la Coalition pour les innovations en matière de préparation aux épidémies. Créée en réaction à l'épidémie d'Ebola en 2017, elle a largement contribué à la mise au point des vaccins contre le Covid. A l'occasion du lancement de sa nouvelle stratégie 2027-2031, Aurélia Nguyen, sa directrice générale adjointe, revient sur les nouveaux risques posés par l'intelligence artificielle et l'arsenal vaccinal en cours de constitution, mais aussi sur les incertitudes liées au positionnement de l'administration Trump et les partenariats noués avec la France. Entretien.

L'Express : Dans son nouveau plan stratégique, la Cepi met en avant l’intérêt de l'intelligence artificielle dans la lutte contre les pandémies, mais aussi les risques que cette technologie ferait peser en matière de biosécurité. Qu’en est-il concrètement ?

Aurélia Nguyen : Pour bien comprendre notre approche, il faut d'abord rappeler que les maladies infectieuses nous menacent de trois façons. D’abord, bien sûr, en cas d’émergence naturelle d’un nouvel agent pathogène — c'est le risque le plus fréquent, lié au réchauffement climatique, aux déplacements de populations et à la pression humaine sur les écosystèmes. Ensuite, un accident de laboratoire est toujours envisageable, car quand des humains manipulent des microbes, il peut toujours y avoir des erreurs. Enfin, la possibilité d’un acte délibéré, malveillant, ne doit pas être écartée.

L'intelligence artificielle s'inscrit dans ces trois dimensions. Du côté des applications positives, elle transforme notre capacité à concevoir des vaccins : en analysant des bases de données génomiques, elle permet d’identifier bien plus vite les meilleures cibles antigéniques, de tester des dizaines de variantes, d’optimiser la réponse immunitaire et de réduire les effets secondaires. Notre prochaine stratégie, qui court de 2027 à 2031, inclut une initiative dédiée que nous appelons le Pandemic Preparedness Engine. Il s’agit d’un système qui utilisera l'IA à chaque étape : surveillance épidémique, anticipation des prochaines émergences, conception vaccinale, mise en place des essais cliniques, validation réglementaire...

Quels sont les risques liés à l’IA ?

Les mêmes outils peuvent théoriquement être détournés. Des modèles d'IA sont aujourd'hui capables de générer des séquences d'ADN — c'est ce qu'a montré récemment le scientifique Brian Hie, qui a développé des séquences ciblant la bactérie E. coli à des fins thérapeutiques. Il s’agit là d’une application tout à fait positive. Mais ce qui permet de neutraliser un agent microbien pourrait, entre de mauvaises mains, servir à en concevoir un. Nous ne disons pas que c'est possible aujourd'hui — à ma connaissance, créer un virus de synthèse dangereux reste dans le domaine de l'hypothétique. Mais les avancées de l'IA s'accélèrent à un rythme tel que nous devons nous y préparer dès maintenant.

Concrètement, que l'IA change par rapport à ce qui était déjà possible jusqu’ici ?

Soyons clairs, la recherche visant à rendre un virus délibérément plus dangereux, ou à créer de toutes pièces un microbe, est absolument interdite. Ce que l'IA modifie, c'est la vitesse et l'accessibilité. Elle permet d'étudier des séquences de génome et d'en tester les effets sur des cibles immunitaires à une échelle qui n'était pas envisageable auparavant. Appliquée au développement vaccinal, c'est une révolution. Mais utilisée par quelqu'un qui voudrait optimiser non pas un vaccin mais un agent pathogène, c'est un risque qu'on ne peut pas ignorer. Notre réponse, quelle que soit l'origine d'une épidémie — naturelle, accidentelle ou délibérée —, reste la même : être capable de produire un vaccin efficace en cent jours.

Quel est, selon vous, le risque épidémique le plus pressant aujourd'hui ?

Sans hésitation, la grippe aviaire H5N1. Ce virus continue de circuler largement chez les oiseaux et infecte de plus en plus de mammifères, ce qui suscite des inquiétudes quant à sa possible adaptation à une transmission efficace entre humains. Avec un taux de mortalité historiquement élevé parmi les cas humains signalés et des flambées persistantes chez les animaux à l’échelle mondiale, le H5N1 présente plusieurs caractéristiques que les scientifiques surveillent de près comme indicateurs d’un risque de pandémie. La Cepi suit ces flambées de très près.

De manière générale, les virus respiratoires se transmettent avec une rapidité redoutable — le Covid nous l'a brutalement rappelé. Nous avons récemment financé l’entreprise Moderna pour développer un vaccin contre le virus H5N1 à partir de sa plateforme d’ARN messager, qui se trouve actuellement en essai clinique de phase 3. Ce financement s’accompagne d’un accord prévoyant qu’en contrepartie du soutien de la Cepi, Moderna s'engage à garantir que 20 % des doses seraient directement allouées aux pays en développement en cas de pandémie. C'est la leçon tirée du Covid : malgré le système Covax, qui a permis de distribuer 2 milliards de doses et d'éviter 2,7 millions de morts, l'accès aux vaccins dans les pays du Sud aurait pu intervenir beaucoup plus rapidement.

Mais comment conduire un essai de phase 3 pour un virus qui ne circule quasiment pas chez l'homme ?

En l’absence d’épidémie, les essais d’efficacité pour les vaccins contre la grippe pandémique ne sont pas réalisables. La stratégie établie pour ces vaccins repose donc sur des corrélats immunologiques de protection, validés pour les vaccins saisonniers contre la grippe déjà autorisés et utilisant la même technologie.

Concrètement, cet essai de phase 3 établira l’ensemble des données de sécurité et d’immunogénicité du candidat vaccin H5N1 nécessaires à son homologation. Ces données seront comparées à celles générées avec un vaccin candidat contre la grippe saisonnière utilisant la même plateforme technologique, qui a démontré son efficacité dans un large essai randomisé de phase 3 et fait actuellement l’objet d’un examen réglementaire en vue de son autorisation. Sous réserve d’approbation, ce vaccin H5N1 deviendrait ainsi le premier vaccin contre la grippe pandémique à base d’ARN messager homologué.

Sur quelles autres technologies vaccinales misez-vous, sachant que l'ARN messager a aussi montré ses limites ?

La technologie vaccinale parfaite n’existe pas. L'ARN messager présente des atouts remarquables — vitesse de production, montée en volume rapide — mais aussi des faiblesses réelles : une protection qui peut manquer de durabilité, et une chaîne du froid exigeante, entre -70 et -80 degrés Celsius, qui pose des problèmes considérables dans les pays du Sud.

C'est pourquoi nous investissons en parallèle sur les vecteurs viraux et sur les plateformes protéiques, qui offrent une meilleure stabilité thermique et des coûts bien inférieurs, essentiels pour les pays à ressources limitées. En pratique, lors d'une pandémie, on pourrait déployer d'abord un vaccin ARN messager pour sa rapidité, puis prendre le relais avec une plateforme protéique, avec une protection prolongée dans le temps et plus accessible pour la vaccination de masse.

Votre rapport mentionne également des vaccins à base de nanoparticules. De quoi s’agit-il ?

Les nanoparticules — des structures de la taille d'un virus — servent de véhicules pour présenter des antigènes au système immunitaire de manière très organisée, en imitant presque l'apparence d'un vrai agent pathogène. Cela déclenche des réponses immunitaires plus fortes, parfois avec des doses plus faibles. L'avantage stratégique, c'est la modularité : une fois la plateforme construite, on peut rapidement y intégrer de nouveaux antigènes face à un microbe émergent. Nous soutenons par exemple une équipe de l'université Stanford qui développe un vaccin à base de nanoparticules de ferritine capable de protéger en une seule formulation contre plusieurs filovirus : virus d’Ebola souche Zaïre et souche Soudan, et virus de Marburg.

La Cepi a-t-elle déjà porté le développement d’un vaccin jusqu'à un stade avancé, voire jusqu'à l'homologation ?

Le plus abouti est le vaccin contre le chikungunya, développé avec la société française Valneva (NDLR : à la suite d’incidents graves, son usage avait toutefois été restreint temporairement aux moins de 65 ans en Europe, et les Etats-Unis ont refusé de l’homologuer). Nous avons aussi travaillé avec Valneva pour organiser des transferts de technologie afin de garantir un accès élargi, notamment en Amérique latine. Depuis, la société Bavarian nordic a aussi mis sur le marché un vaccin contre cette maladie infectieuse. Pour les autres maladies prioritaires, nous avons franchi des seuils qui n'avaient jamais été atteints. Sur la fièvre de Lassa, qui frappe l'Afrique de l'Ouest, un candidat vaccin se trouve pour la première fois en phase 2.

Même chose pour la fièvre de la Vallée du Rift — une épidémie a récemment touché le Sénégal et la Mauritanie — où un vaccin en phase 2 n'existait tout simplement pas avant le soutien de la CEPI. Pour le Nipah, un virus très létal qui sévit en Asie du Sud, notamment en Inde dans des zones jamais touchées auparavant, nous avons aussi un candidat en phase 2. L'objectif est d'avancer ces candidats suffisamment loin dans leur développement pour pouvoir les déployer en urgence lors d'une épidémie.

Vous avez besoin de 2,5 milliards de dollars pour votre prochaine stratégie. Les États-Unis, qui ont jusqu'ici soutenu la Cepi, contribuent-ils encore sous l'administration Trump ?

Nous comptons environ trente investisseurs, principalement des États, auxquels s'ajoutent de grandes philanthropies. Les États-Unis ont été l'un d'entre eux, mais avec une contribution historiquement minoritaire sur l'ensemble de la vie de la Cepi. Nous maintenons des discussions très étroites avec Washington, parce que les intérêts restent profondément alignés : l'un des objectifs affichés de l'administration actuelle est précisément de contenir les épidémies avant qu'elles ne franchissent les frontières américaines. C'est exactement ce que nous faisons.

Vous semblez sereine face à un ministre de la Santé notoirement antivaccin. N'est-ce pas un peu optimiste ?

Je ne peux pas vous donner de réponse définitive aujourd'hui, alors que les discussions sont en cours et que notre nouvelle stratégie se déploie. Ce que je peux dire, c'est que répondre à une épidémie nécessite toujours trois types d'outils : des diagnostics, des thérapeutiques et des vaccins. Les trois doivent fonctionner ensemble. Cette réalité ne change pas avec les gouvernements.

Quelle place occupe la France dans votre écosystème de partenaires ?

La France joue un rôle important. Nous avons investi environ 86 millions de dollars dans des institutions et des entreprises françaises. Au sein de Valneva pour le chikungunya, bien sûr. Mais aussi dans la société de biotechnologie DNAscript, avec qui nous travaillons pour accélérer la production d'ARN messager vaccinal. L’objectif est d’aller toujours plus vite car dans une pandémie, chaque heure compte. Nous collaborons également étroitement avec l'Institut Pasteur et l'Inserm. Epicentre, une ONG médicale liée à Médecins sans frontières, est notre partenaire pour les essais cliniques sur la fièvre de Lassa en Afrique de l'Ouest. Et au-delà de la France métropolitaine, nous travaillons intensément avec l'Afrique francophone : l'Institut Pasteur de Dakar est un partenaire majeur, ainsi que des institutions au Bénin et en Guinée. La force du système de recherche français et le réseau scientifique qu'il a tissé sur le continent africain sont un atout réel pour la préparation mondiale aux pandémies.